Ο ερειπωμένος ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στην Επισκοπή Μυλοποτάμου και κατασκευάστηκε περίπου τον 13ο αιώνα πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 5ου αιώνα, όπως μαρτυρούν γλυπτά μέλη σε δεύτερη χρήση. Μετά την Αραβοκρατία, αποτέλεσε τον καθεδρικό ναό και την έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου, δίνοντας και το σημερινό όνομα στον οικισμό της Επισκοπής.
Κατά την Ενετοκρατία παραχωρήθηκε στη λατινική εκκλησία, ενώ στα νότια κτίστηκε και επισκοπικό μέγαρο. Το 1299 η τοπική χριστιανική οικογένεια του Αλεξίου Καλλέργη συμφώνησε με τους Ενετούς για την παραχώρηση της επισκοπής, την οποία ανακαίνισε και τοιχογράφησε με δικές της δαπάνες.
Από το ναό σήμερα σώζεται η βόρεια πλευρά και μέρος της νοτιοδυτικής όψης. Αρχικά ήταν τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική, η οποία μάλλον κατέρρευσε με το σεισμό του 1303 και ανακατασκευάστηκε σε σταυροειδή ναό με τρούλο που στηρίζεται σε 4 κιόνες. Σε μια του είσοδο υπάρχει το οικόσημο του Βενετού Επισκόπου Sorreto με χρονολογία 1568, έτος όπου και ο ναός ανακαινίστηκε.