Κοντά στο χωριό Ελεύθερνα (που μέχρι το 1933 ονομαζόταν Αναχουρδομέτοχα), 26 χλμ νοτιοανατολικά της πόλης του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 380 μ. βρίσκονται τα ερείπια της αρχαίας πόλης “Ελεύθερνα”, από την οποία πήρε το όνομά του το χωριό και η οποία αποτελεί τον σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο του νομού Ρεθύμνου, ο οποίος δεν έχει ανασκαφεί ακόμη πλήρως. Απέχει μόλις 5χλμ από τη Μονή Αρκαδίου, ενώ ήδη από το 1972 η περιοχή είναι χαρακτηρισμένη ως “τοπίο ιδιαίτερου φυσικού κάλλους” και ως προστατευόμενος αρχαιολογικός χώρος.
Οι πρώτες οργανωμένες ανασκαφές ξεκίνησαν το 1985 από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, ενώ ο αρχαιολογικός χώρος έγινε επισκέψιμος για το κοινό το 2008.
Ιστορικά η πόλη της Ελεύθερνας ιδρύθηκε από τους Δωριείς περίπου τον 9ο αιώνα π.Χ. και κατοικήθηκε ως και τα πρωτοβυζαντινά χρόνια. Στην πολύχρονη αυτή της πορεία φαίνεται ότι συνετέλεσε η στρατηγική της θέση σε υψόμετρο 380μ, στο σημείο που διασταυρώνονταν οι δρόμοι που ένωναν την αρχαία Κυδωνία, την Κνωσό και τον Ψηλορείτη. Τα ευρήματα ως τώρα έχουν βρεθεί σε τρία διαφορετικά σημεία του ίδιου λόφου. Η Ελεύθερνα ήταν μια από τις πόλεις που τάχθηκαν με το πλευρό της Μακεδονίας κατά της Κνωσού κατά τη διάρκεια του πρώτου Κρητικού Πολέμου (205πΧ- 200πΧ). Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, η πόλη κατάφερε να αντισταθεί σθεναρά στον Ρωμαίο στρατηγό Μέτελλο, έως ότου έπεσε από προδοσία. Κατά τη Ρωμαϊκή Εποχή η πόλη εξακολούθησε να αναπτύσσεται, κτίστηκαν λουτρά, τεράστιες δεξαμενές, επαύλεις, δημόσια κτίρια και πύργος. Η βυζαντινή εποχή ήταν η τελευταία εποχή της πόλης, πριν καταστραφεί από τους Άραβες, όταν έγινε έδρα Επισκοπής και κτίστηκε η μεγάλη βασιλική του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, ερείπια της οποίας σώζονται και σήμερα.
Επίσης κοντά στο χωριό βρίσκονται τα ερείπια του μονόχωρου ναού της Αγίας Άννας, με σπαράγματα αγιογραφιών στους τοίχους, καθώς και η οικία του Πέτρου Μαρκαντωνάκη που έχει χαρακτηριστεί ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο αφου πρόκειται για τυπικό δείγμα τοπικής λαϊκής αρχιτεκτονικής του 19ου αιώνα στην Κρήτη με καταβολές στην παράδοση της Βενετοκρατίας.