Τον Ιούνιο 2016 εγκαινιάστηκε το Αρχαιολογικό Μουσείο στην Ελεύθερνα, το πρώτο μουσείο αρχαιολογικού χώρου στην Κρήτη, καθώς βρίσκεται δίπλα στην αρχαία πόλη.
Παρότι μικρότερο σε μέγεθος, είναι αντίστοιχο με εκείνα της Ολυμπίας, των Δελφών και της Βεργίνας. Δημιουργήθηκε για να στεγάσει τα αποτελέσματα των ανασκαφών που διενεργούνται εδώ και 30 χρόνια στην αρχαία πόλη της Ελεύθερνας.
Οι τρεις αίθουσες του μουσείου φιλοξενούν όλη την ιστορία της πόλης της Ελεύθερνας από το 3000 π.Χ. έως το 1300 μ.Χ. με αντικείμενα καθημερινής ζωής και έργα τέχνης.
Η πρωτοτυπία αυτού του μουσείου συνίσταται στο ότι τα αντικείμενα της μόνιμης έκθεσης θα ανανεώνονται κατά περιόδους από νέα αλλά και παλιότερα ευρήματα ανασκαφών. Με τον τρόπο αυτό το ενδιαφέρον του κοινού θα είναι συνεχές και θα σχετίζεται με την αποκάλυψη και επέκταση του συνεχιζόμενου ανασκαφικού έργου στον αρχαιολογικό χώρο. Η έκθεση πλαισιώνεται από πρωτότυπες και σύγχρονες οπτικοακουστικές εφαρμογές.