Από το 2016, με αφορμή τη συμπλήρωση 150 χρόνων από το Ολοκαύτωμα του 1866, λειτούργησε ο φύλαξης έργων τέχνης που έχουν να κάνουν με το ίδιο το Μοναστήρι. Η Πινακοθήκη φιλοξενείται στους πρόσφατα ανακαινισμένους και κατάλληλα διαμορφωμένους χώρους του παλαιού Μουσείου της Μονής, οι οποίοι ολοκληρώθηκαν με αφορμή τις εκδηλώσεις τιμής και μνήμης για την Εκατονπεντηκονταετηρίδα της Αρκαδικής Εθελοθυσίας του 1866. Βρίσκεται στον πρώτο όροφο του κτιρίου, στο ισόγειο του οποίου εκτίθεται η Μουσειακή Συλλογή της Ιεράς Μονής.
Στην Πινακοθήκη εκτίθενται έργα παλαιών και νεωτέρων καλλιτεχνών, οι οποίοι εμπνεύσθηκαν τόσο από την υπέρτατη θυσία του Ολοκαυτώματος της Μονής όσο και από την εν γένει ιστορική και πνευματική διαδρομή της ανά τους αιώνες. Ανάμεσα σε αυτά ξεχωρίζουν πίνακες ζωγραφικής της ζωγράφου Πόπης Παυλάκη, πέντε από τους οποίους παραχώρησαν στην Ιερά Μονή Αρκαδίου ο Δήμος Ρεθύμνης και το Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Κρήτης.
Στο μουσείο της Μονής φιλοξενούνται επιπλέον πολλά και παλαιά κειμήλια που έχουν σωθεί μέσα στον χρόνο και στη φθορά των κατακτήσεων της Μονής από επίβουλους πολιορκητές και αναδεικνύουν διαφορετικές περιόδους της Μονής.
Επίσης δύο διαδραστικά υπολογιστικά συστήματα πλοήγησης μέσα από πληροφορίες για τη Μονή δίνουν την ευκαιρία στον επισκέπτη για περαιτέρω γνώση και πληροφόρηση, ενώ μέσα στους χώρους της Μονής στεγάζεται ένα κατάστημα στο οποίο τα δεκάδες μικρά και αναμνηστικά έργα – εικόνες, θρησκευτικά αντικείμενα, βιβλία – που διατίθενται συμπληρώνονται από προϊόντα της φύσης που η ίδια η Μονή καλλιεργεί και παράγει.