Ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας στο χωριό Πατσός Αμαρίου είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Παναγίας.
Η παλαιότερη βιβλιογραφία τον είχε κατατάξει στους μεσοβυζαντινούς (11ος -12ος), με εκτεταμένη ανακατασκευή στον 14ο αιώνα. Όπως προέκυψε από τις εργασίες αποκατάστασης του μνημείου κατά τα έτη 2012-2014, η αρχική και κύρια κατασκευαστική φάση του ναού χρονολογείται στο πρώτο τέταρτο του 14ου αιώνα, με πολλές μικρές ή μεγαλύτερες μετατροπές κατά τους επόμενους αιώνες, οι οποίες ωστόσο δεν άλλαξαν την αρχιτεκτονική δομή του ναού.
Η μεγαλοπρέπεια του οικοδομήματος και η υψηλή ποιότητα των υλικών κατασκευής και των σωζώμενων τοιχογραφιών, κατατάσσουν το ναό στους σημαντικότερους της Κρήτης. Θεωρείται ότι αποτέλεσε επισκοπική έδρα κατά την Ενετοκρατία, καθώς σώζεται μαρτυρία του 1357 για εγκατάσταση ορθόδοξου επισκόπου.
Ο ναός αρχιτεκτονικά ανήκει στον τύπο του τετράστυλου σταυροειδή εγγεγραμμένο σε τρούλο με ευρύ τριμερή νάρθηκα, ενώ η αψίδα του ιερού ήταν ορθογωνική και των δύο παραβημάτων ημικυκλική. Δυστυχώς έχει καταρρεύσει η στέγη εδώ και αιώνες και οι τοίχοι σε αρκετό ύψος, ωστόσο το δάπεδο που αποκαταστάθηκε τον 16ο αιώνα σώζεται σχεδόν ακέραιο.
Ο τοιχογραφικός διάκοσμος του ναού χρονολογείται στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα και αποτελεί έργο ενός πολύ ικανού συνεργείου, που συνδέεται με τις σύγχρονες τάσεις της παλαιολόγειας τέχνης. Μεγάλο μέρος του αποτοιχίσθηκε τη δεκαετία του 1970 και μέχρι πρόσφατα εκτίθεντο στη Συλλογή της Αγίας Αικατερίνης στο Ηράκλειο. Το 2011 οι τοιχογραφίες επέστρεψαν στο Ρέθυμνο, συντηρήθηκαν και πρόκειται να εκτεθούν στο Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο της Πόλης. Στο ναό της Παναγίας, κατά τα έτη 2012-2014 έγιναν εκτεταμένες εργασίες στερέωσης των τοιχοποιιών, αποκατάστασης και διαμόρφωσης του περιβάλλοντα χώρου καθώς και συντήρησης του τοιχογραφικού διακόσμου, στο πλαίσιο του Προγράμματος Διασυνοριακής Συνεργασίας Ελλάδα Κύπρος 2007-2013.