Το φαράγγι του Αλμυρού εκβάλει στα Ελληνοπεράματα, όντας το κοντινότερο από τα δυτικά φαράγγι στο Ηράκλειο, μια φυσική όαση πολύ κοντά στην πολύβουη πόλη. Σχηματίζεται ανάμεσα στα υψώματα της Κέρης και της Καστροκεφάλας με την αρχαία πολιτεία στην κορφή της από την οποία έχουμε μοναδική θέα στο εσωτερικό του. Είναι πολύ σημαντικός βιότοπος και ο βασικότερος λόγος είναι επειδή στο μέσον του στην ανατολική πλευρά του βρίσκεται το μεγαλύτερο δάσος από λιόπρινα (Phillirea media) σε όλη την Κρήτη, άγνωστο στον περισσότερο κόσμο. Επιπλέον συναντάμε πλατάνια, πρίνους, σφάκες, χαρουπιές και αγριελιές παρά την υπερβόσκηση που έχει δεχτεί ο τόπος και την αλόγιστη κοπή αιωνόβιων δέντρων με σκοπό να γίνουν ζωοτροφή.
Είναι το μόνο φαράγγι σε όλη την Κρήτη που του έχει δοθεί τόσο μεγάλο πλήθος ονομασιών (συνολικά 7), παρά σχετικά μικρό μέγεθος του. Συγκεκριμένα μπορούμε να το ακούσουμε με τις εξής ονομασίες:
- Φαράγγι Κέρης: από το ομώνυμο ύψωμα με το τεχνητό πευκοδάσος της Κέρηςπου υπάρχει στα ανατολικά του.
- Φαράγγι Αλμυρού: επειδή λίγα μέτρα από την έξοδό του βρίσκονται οι πηγές του Αλμυρού.
- Φαράγγι Ποροφάραγγο: ονομασία που υπάρχει σε πάρα πολλά φαράγγια της Κρήτης και σημαίνει την «είσοδο»του φαραγγιού.
- Φαράγγι Ελληνοπεραμάτων: επειδή η έξοδός του βρίσκεται στα Ελληνοπεράματα.
- Φαράγγι Τριών Εκκλησιών: επειδή στην έξοδό του υπήρχε το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Φαραγγίτηπου είχε τρεις εκκλησίες από το 1350 μέχρι και την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους το 1669 οπότε και καταστράφηκε.
- Φαράγγι Στρούμπουλα: επειδή ξεκινά από τους πρόποδες του Στρούμπουλα.
- Φαράγγι των Φαντασμάτων: λόγω του ότι για πολλά χρόνια ο χώρος του φαραγγιού χρησιμοποιούνταν από ομάδες σατανιστών της πόλης οι οποίοι έκαναν εκεί τις διάφορες τελετές τους με αποτέλεσμα πολλοί περίοικοι ή απλά περιπατητές της περιοχής να ισχυρίζονται ότι κατά καιρούς έχουν δει φαντάσματα ή άλλα πνεύματα να κυκλοφορούν στην περιοχή σαν αποτέλεσμα των τελετών που γινόταν και ο χώρος είχε αποκτήσει κάτι το υπερφυσικό.